Viele kennen den PHPDoc-Generator, der anhand von Kommentarblöcken eine Menge von HTML-Seiten generiert und verknüpft um die Dokumentation größerer Projekte zu erreichen.
Noch etwas weiter geht das Projekt PHPXref.
Hier werden nicht nur die Kommentare extrahiert, sondern der gesamte Code in HTML-Dateien dargestellt und um Hilfe beim lesen der Dokumentation angereichert.
Das Projekt und weitere Details sind zu finden unter:
http://phpxref.sourceforge.net/
