Um langsame Queries zu finden ist der Slow Query Log von MySQL bekannt. Anhand eines Schwellwertes für die Laufzeit von Queries werden langsame Anfragen protokolliert und können so analyisert werden. Nachteil: Anfragen können sich z.B. durch Locks gegenseitig beeinflussen, die Quelle zu finden kann also weitere Recherche benötigen.
Eine zusätzliche Möglichkeit stellt das Linux Tool "mtop" zur Verfügung. Mit ihm kann man laufende MySQL Queries live einsehen und langsame Anfragen sehen. Es lässt sich damit auch ein Bezug zur Wartezeit einer Website herstellen, die man parallel bemerkt.
Tipp: Über die Taste "e" und die Eingabe der Query ID kann der gesamte Query eingesehen werden.